MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS1

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019438	TGAA	2	8	50	57	50 %	25 %	25 %	0 %	414073320
2	NC_019438	AAAAG	2	10	64	73	80 %	0 %	20 %	0 %	414073320
3	NC_019438	ATTT	2	8	190	197	25 %	75 %	0 %	0 %	414073320
4	NC_019438	T	7	7	219	225	0 %	100 %	0 %	0 %	414073320
5	NC_019438	GAT	2	6	232	237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073320
6	NC_019438	CAA	2	6	240	245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073320
7	NC_019438	AC	3	6	246	251	50 %	0 %	0 %	50 %	414073320
8	NC_019438	AAGC	2	8	259	266	50 %	0 %	25 %	25 %	414073320
9	NC_019438	T	6	6	291	296	0 %	100 %	0 %	0 %	414073320
10	NC_019438	AAG	2	6	305	310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073320
11	NC_019438	ATG	3	9	377	385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073320
12	NC_019438	TAT	2	6	492	497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073320
13	NC_019438	CGGA	2	8	555	562	25 %	0 %	50 %	25 %	414073320
14	NC_019438	T	7	7	660	666	0 %	100 %	0 %	0 %	414073320
15	NC_019438	AT	3	6	669	674	50 %	50 %	0 %	0 %	414073320
16	NC_019438	A	6	6	731	736	100 %	0 %	0 %	0 %	414073320
17	NC_019438	A	7	7	738	744	100 %	0 %	0 %	0 %	414073320
18	NC_019438	GAA	2	6	780	785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073320
19	NC_019438	AGA	2	6	795	800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073320
20	NC_019438	AGA	2	6	816	821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073320
21	NC_019438	CT	3	6	989	994	0 %	50 %	0 %	50 %	414073320
22	NC_019438	AAG	2	6	1064	1069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073320
23	NC_019438	A	6	6	1102	1107	100 %	0 %	0 %	0 %	414073320
24	NC_019438	CTAC	2	8	1123	1130	25 %	25 %	0 %	50 %	414073320
25	NC_019438	ATG	2	6	1149	1154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073320
26	NC_019438	A	6	6	1183	1188	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019438	AGA	2	6	1193	1198	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019438	TGG	2	6	1218	1223	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414073321
29	NC_019438	GAT	2	6	1241	1246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073321
30	NC_019438	AAAG	2	8	1255	1262	75 %	0 %	25 %	0 %	414073321
31	NC_019438	GAT	2	6	1292	1297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073321
32	NC_019438	TAC	2	6	1370	1375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073321
33	NC_019438	AAAT	2	8	1407	1414	75 %	25 %	0 %	0 %	414073321
34	NC_019438	TCA	2	6	1460	1465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073321
35	NC_019438	CAA	2	6	1512	1517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073321
36	NC_019438	GTG	2	6	1518	1523	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414073321
37	NC_019438	T	6	6	1603	1608	0 %	100 %	0 %	0 %	414073321
38	NC_019438	GTTAAA	2	12	1618	1629	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414073321
39	NC_019438	A	6	6	1627	1632	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
40	NC_019438	A	9	9	1731	1739	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
41	NC_019438	TTC	2	6	1748	1753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073321
42	NC_019438	GAT	2	6	1763	1768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073321
43	NC_019438	TCA	2	6	1780	1785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073321
44	NC_019438	A	6	6	1814	1819	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
45	NC_019438	A	6	6	1830	1835	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
46	NC_019438	GGAAT	2	10	1988	1997	40 %	20 %	40 %	0 %	414073321
47	NC_019438	A	6	6	2047	2052	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
48	NC_019438	TAA	2	6	2104	2109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073321
49	NC_019438	ATAG	2	8	2162	2169	50 %	25 %	25 %	0 %	414073321
50	NC_019438	TACG	2	8	2190	2197	25 %	25 %	25 %	25 %	414073321
51	NC_019438	A	6	6	2199	2204	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
52	NC_019438	AGA	2	6	2209	2214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073321
53	NC_019438	CTA	2	6	2301	2306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073321
54	NC_019438	TTC	2	6	2333	2338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073321
55	NC_019438	TCA	2	6	2365	2370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073321
56	NC_019438	TTG	2	6	2384	2389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073321
57	NC_019438	A	6	6	2399	2404	100 %	0 %	0 %	0 %	414073321
58	NC_019438	TGTT	2	8	2421	2428	0 %	75 %	25 %	0 %	414073321
59	NC_019438	ATA	2	6	2445	2450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019438	GTT	2	6	2507	2512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019438	T	7	7	2519	2525	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019438	ATA	2	6	2528	2533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019438	TGA	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019438	CTTTT	2	10	2569	2578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_019438	GA	3	6	2588	2593	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019438	T	7	7	2667	2673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019438	TTA	2	6	2689	2694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019438	T	12	12	2700	2711	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019438	TTA	2	6	2716	2721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019438	TGA	2	6	2734	2739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019438	AT	3	6	2767	2772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019438	TGA	2	6	2892	2897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019438	AT	3	6	2925	2930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019438	TGA	2	6	3050	3055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019438	AT	3	6	3083	3088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019438	TGA	2	6	3208	3213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019438	AT	3	6	3241	3246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019438	TGA	2	6	3366	3371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019438	TCT	2	6	3417	3422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_019438	TAT	2	6	3440	3445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019438	A	9	9	3455	3463	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019438	GTA	2	6	3465	3470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019438	AT	3	6	3473	3478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019438	TAA	2	6	3499	3504	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019438	ATTTT	2	10	3519	3528	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019438	TAA	2	6	3553	3558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019438	T	7	7	3562	3568	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019438	TGA	2	6	3612	3617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019438	ATA	2	6	3677	3682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019438	GAT	2	6	3701	3706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019438	CTTTT	2	10	3721	3730	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_019438	GA	3	6	3740	3745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019438	ATTA	2	8	3817	3824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019438	T	7	7	3825	3831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019438	TTA	2	6	3847	3852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019438	T	8	8	3857	3864	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019438	TAT	2	6	3871	3876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019438	TCT	2	6	3906	3911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019438	GAT	2	6	3942	3947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019438	TTG	2	6	3977	3982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019438	TATAT	2	10	4008	4017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019438	A	8	8	4044	4051	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019438	A	8	8	4088	4095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019438	AC	3	6	4102	4107	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_019438	A	8	8	4110	4117	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019438	AC	3	6	4124	4129	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_019438	A	8	8	4132	4139	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019438	AC	3	6	4146	4151	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_019438	TTA	2	6	4161	4166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019438	ATA	2	6	4184	4189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.